fullseye

skeleton_branches3d — 3D medial op

• データ種: voxel → voxel
• 呼び出し: import fullseye as fs; fs.ledger.skeleton_branches3d(vol, min_length=0) (実装を直接呼ぶなら import medial; medial.skeleton_branches3d(vol, min_length=0)、台帳から引くなら ops3d.get("skeleton_branches3d"))

使い方

3D 骨格を分岐点で切って枝(線分)に分割する。2D の r2_split_skeleton_lines の 3D 版。

分岐点 voxel を除いた残りが枝。min_length > 0 なら、26 連結成分の voxel 数が それ未満の断片を除去する。

手順: _ensure_skeleton で bool 化(interior voxel があれば skeletonize_vol で細線化)→ 26 近傍次数 >= 3 の voxel(分岐点)を取り除く → min_length > 0 なら scipy.ndimage.label(3x3x3 全 1 構造 = 26 連結)で成分に分け、voxel 数が min_length 未満の成分を落とす。

返り値: 入力と同形の bool 配列(枝 voxel = True)。枝ごとのラベルは返さない — 枝を個別に扱うには返り値を vol_label(branches, 26) に通す(成分数 = 枝数)。 分岐点 voxel そのものは結果に含まれないので、枝の両端は分岐点の 1 voxel 手前で 終わる。

引数と検証: min_length は voxel 数(int() で切り捨て。0 なら除去しない)。 入力が 3-D でない・空・NaN/Inf は ValueError。細線化が必要で scikit-image が無ければ ImportError。前景が無ければ全 False。

注意: 26 近傍次数は分岐の対角隣接で 3 以上になりやすく、分岐点が数 voxel の 塊として除かれるため、枝が実際より短く出ることがある。閉ループだけの骨格は 分岐点が無く、全体が 1 本の枝として残る。

参考(サンプルデータ・文献)

• サンプルデータ カタログ(DL URL / ライセンス) — 2-D は skimage.data(BSD/public)+ 合成、3-D は実データ源(Stanford/PDS 等)の DL URL。
• 演算子の来歴・参考文献 — この op 族の元になった研究/手法の出典。

実行できる例(この op を実際に呼ぶ検証済みサンプル)

• medial_topology — py -3.11 examples_3d/medial_topology.py

型が繋がる次の op(voxel を入力に取れる)

voxel_to_mips · voxel_to_mesh · signed_distance_field · to_points · sobel3d · hessian3d · curvature_maps · edt_jfa

同カテゴリ(medial)

distance_ridge · skeletonize_vol · medial_axis_points · topology_signature · medial_match · skeleton_junctions3d · skeleton_endpoints3d · skeleton_prune3d

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Provenance: medial.py — 3D operator registry. この per-op ノートは tools/opdocs.py md が自動生成(手編集しない)。

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