medial opvoxel → pointsimport fullseye as fs; fs.ledger.medial_axis_points(vol, min_radius=0.0) (実装を直接呼ぶなら import medial; medial.medial_axis_points(vol, min_radius=0.0)、台帳から引くなら ops3d.get("medial_axis_points"))fullseye.ledger.medial_axis_points(...) は宣言 out 型 points の値だけを返す(本体は補助情報も返す)。捨てられた側が要るときは fullseye.ledger.medial_axis_points.raw(...)、または medial.medial_axis_points を直接呼ぶ。
(points, radii)medial voxel の座標と局所半径(= その点の EDT 値)を点群化。返り値 (points, radius)。
太い部分は面状、細い部分は線状に分布する medial 点を (M,3) の座標(z,y,x)と、それぞれの 局所半径 (M,) として返す。半径最大の点は形状の最も「内側」= 中心を指す。
Args: vol: バイナリ voxel(bool / 0-1 の 3D)。 min_radius: この半径以下の点を除外(ノイズ抑制)。
Returns: points (float64, (M,3)): medial voxel 座標(z, y, x)。 radius (float64, (M,)): 各点の EDT 値(= 局所内接半径)。
手順: distance_ridge(vol, min_radius) で得た ridge_mask の np.argwhere
(配列 index、行は z-major の辞書順で決定的)と、その位置の edt 値を返す。
座標は voxel index で spacing は掛けない(物理座標が要るなら呼び手で
points * (sz, sy, sx)、半径も同様に等方 spacing を掛ける)。
引数と検証: vol は 3-D(非ゼロ = 前景)。3-D でない・空・NaN/Inf は
ValueError、min_radius < 0 も ValueError。radius は
> min_radius の点だけ(境界 voxel は EDT が 1 以下なので min_radius=1 で
外殻ノイズをほぼ落とせる)。
端の挙動: 前景が無い、または全点が min_radius 以下なら points は (0, 3)、
radius は (0,) の空配列(エラーにしない)。
使いどころ: medial_match の半径分布、点群 op(smallest_sphere3 /
fit_line3 等)への橋渡し、np.argmax(radius) で最大内接球の中心を取る。
py -3.11 examples_3d/medial_topology.pypoints を入力に取れる)points_to_voxel · gaussians_to_voxel · estimate_point_normals · to_points · match_points_ncc · match_pca · moment_axes · icp_point2point_3d
medial)distance_ridge · skeletonize_vol · topology_signature · medial_match · skeleton_junctions3d · skeleton_endpoints3d · skeleton_prune3d · skeleton_branches3d
Provenance: medial.py — 3D operator registry. この per-op ノートは tools/opdocs.py md が自動生成(手編集しない)。
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