fullseye

filter_by_volume — 3D regionprops op

• データ種: voxel → voxel
• 呼び出し: import fullseye as fs; fs.ledger.filter_by_volume(vol, min_voxels: 'int', connectivity: 'int' = 26) -> 'np.ndarray' (実装を直接呼ぶなら import regionprops3d; regionprops3d.filter_by_volume(vol, min_voxels: 'int', connectivity: 'int' = 26) -> 'np.ndarray'、台帳から引くなら ops3d.get("filter_by_volume"))

使い方

min_voxels 未満の連結成分を除去した bool マスクを返す。

Parameters

vol : array_like bool または 0/1 の 3D 配列。 min_voxels : int この閾値「未満」(< min_voxels)の成分を落とす。閾値 “以上” は残す。 connectivity : int 6 / 18 / 26。

Returns

ndarray(bool) 条件を満たす成分のみ True。前景無しや全成分除去なら全 False。

補足:

• min_voxels は int() で丸めてから比較する。1 以下ならすべての成分が残る。
• 内部で label_components → bincount → counts >= min_voxels のラベルを残す。ラベルの再番号付けは行わず bool マスクだけ返すので、番号が要るなら結果をもう一度 label_components に通す。
• 入力は 0 以外を前景として bool 化する(NaN も前景)。軸順 (z, y, x)。
• Raises ValueError: 3 次元でない入力、connectivity が 6/18/26 以外。
• ボクセル数はスペーシング未補正なので、実寸で閾値を切るなら voxel 体積で割ってから渡す。

背景知識ガイド(この op の手前にある物理・規約)

• measurement_uncertainty — 計測の不確かさと校正の知識 — 「測れている」を主張するために

参考(サンプルデータ・文献)

• サンプルデータ カタログ(DL URL / ライセンス) — 2-D は skimage.data(BSD/public)+ 合成、3-D は実データ源(Stanford/PDS 等)の DL URL。
• 演算子の来歴・参考文献 — この op 族の元になった研究/手法の出典。

実行できる例(この op を実際に呼ぶ検証済みサンプル)

• region_props_3d — py -3.11 examples_3d/region_props_3d.py

型が繋がる次の op(voxel を入力に取れる)

voxel_to_mips · voxel_to_mesh · signed_distance_field · to_points · sobel3d · hessian3d · curvature_maps · edt_jfa

同カテゴリ(regionprops)

label_components · region_props · largest_component · inner_box3 · vol_label · vol_region_props

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Provenance: regionprops3d.py — 3D operator registry. この per-op ノートは tools/opdocs.py md が自動生成(手編集しない)。

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