fullseye

vol_select_labels — VOLCOLOR select op

• データ種: labels → labels
• 呼び出し: import fullseye as fs; fs.ledger.vol_select_labels(labels, props=None, spacing=None, relabel: 'bool' = False, exclude_border: 'bool' = False, keep=None, **criteria) (実装を直接呼ぶなら import volcolor; volcolor.vol_select_labels(labels, props=None, spacing=None, relabel: 'bool' = False, exclude_border: 'bool' = False, keep=None, **criteria)、台帳から引くなら opsvolcolor.get("vol_select_labels"))
• 台帳経由の戻り値: fullseye.ledger.vol_select_labels(...) は宣言 out 型 labels の値だけを返す(本体は補助情報も返す)。捨てられた側が要るときは fullseye.ledger.vol_select_labels.raw(...)、または volcolor.vol_select_labels を直接呼ぶ。

使い方

3-D の特徴で成分をふるいにかける(2-D のブロブ選別の 3-D 版)。

(labels_out, kept_ids) を返す。落ちた成分のボクセルは 0(背景)になる。

props は :func:vol_label_shape_stats か :func:volops.vol_region_props の 返り値。None なら :func:vol_label_shape_stats をその場で呼ぶ。

条件(すべて省略可・与えたものは AND):min_volume max_volume min_voxels max_voxels min_sphericity max_sphericity min_elongation max_elongation min_isotropy max_isotropy min_equivalent_diameter max_equivalent_diameter。加えて exclude_border=True でボリューム端に接する成分を落とす(CT の視野で 切れている粒子を計測から外す標準手順)、keep=[...] で残す id を直接指定。

必要なキーが props に無ければ ValueError。たとえば min_sphericity を :func:vol_label_shape_stats の結果に対して指定すると、sphericity は そちらが出さない量なので拒否する ―― 欠けたキーを既定値で埋めると「条件を 書いたのに一件も落ちない」フィルタが黙って出来上がる。

relabel:

• False(既定)―― 元の id をそのまま残す。ゆえに :func:vol_colorize_labels を前後で呼んでも残った成分の色は変わらない。 「ふるいにかけて色が残っていく」図が成立するのはこの既定のおかげである。
• True ―― 残った成分を 1..k へ振り直す。色は総取り替えになる (ラベル番号がパレットの行番号だから)。下流が連番を要求する場合だけ使う。 この 1 引数がこの族の売りを壊せる唯一の場所なので、明示的にした。

Returns (labels_out int32 (D, H, W), kept_ids np.ndarray int64). Raises ValueError for an unknown criterion, a criterion whose key is absent from props, a props that does not cover the labels present, or a keep containing a label that is not in the volume.

参考(サンプルデータ・文献)

• サンプルデータ カタログ(DL URL / ライセンス) — 2-D は skimage.data(BSD/public)+ 合成、3-D は実データ源(Stanford/PDS 等)の DL URL。
• 演算子の来歴・参考文献 — この op 族の元になった研究/手法の出典。
• アルゴリズムの正典(著者・年)と用途は上記ファミリ使い方ガイドに記載。

実行できる例(この op を実際に呼ぶ検証済みサンプル)

• voxel_labels_color — py -3.11 examples/voxel_labels_color.py

型が繋がる次の op(labels を入力に取れる)

vol_colorize_labels · vol_label_overlay · vol_label_shape_stats · vol_label_legend · vol_labels_to_meshes · vol_label_volume_render

同カテゴリ(select)

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Provenance: volcolor.py — VOLCOLOR operator registry. この per-op ノートは tools/opdocs.py md が自動生成(手編集しない)。

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