fullseye

seg_membrane_chord_score — EMPROOF suspect op

使い方

融合の疑い: ラベルの内部を横切る膜の「弦」の長さ / ラベルの径。ラベル(連結成分)ごとに 1 行。

手順: 成分の内側(境界から band px より内)で膜応答 > tau の画素を 8 連結の成分にし、 min_segment px 以上の膜成分ごとに、3 px 太らせて境界帯(band < 距離 ≤ band + 3)に 触れる画素の最遠 2 点間距離を弦長とする。score = max 弦長 / sqrt(面積)。境界の 2 か所を結ぶ膜 (= 貼り付いた 2 細胞の境目)は score ≈ 1、境界に触れない断片は 0 か小さい。穴を持つ膜成分 (min_hole px 以上の穴 = 閉じた輪 = ミトコンドリア・小胞)は弦の候補から外す ―― 境界の 2 点に 接する輪は弦と同じ「遠い 2 点」を持つので、穴の有無で先に分ける。輪が切れて弧になった膜は 外せない(実データで AUC が 1 にならない主因)。

CREMI sample A(512² 断面 12 枚、試作)で人工融合の成分 vs 他: AUC 0.83(tau 0.2)。 列: label / component / area / score / chord_px / n_segments / cy / cx (score 降順)。min_area 未満の成分は数えない(小さな断片の弦は径と同程度で常に高く出る)。

table = seg_membrane_chord_score(labels, seg_membrane_response(raw)) table[“label”][:5], table[“score”][:5] # 疑いの強い順

詳しい使い方ガイド

参考(サンプルデータ・文献)

実行できる例(この op を実際に呼ぶ検証済みサンプル)

型が繋がる次の op(table を入力に取れる)

—

同カテゴリ(suspect)

seg_boundary_membrane_gap


Provenance: emproof.py — EMPROOF operator registry. この per-op ノートは tools/opdocs.py md が自動生成(手編集しない)。

© 2026 Kazufumi Furuse — Fullseye operator documentation. Licensed under Apache-2.0.