fullseye

points_activity_video — CONNGRAPH `activity` op

データ種: points × matrix → rgbvideo
呼び出し: import fullseye as fs; fs.ledger.points_activity_video(P: 'Any', X: 'Any', colors: 'Any' = None, size: 'int' = 480, aspect: 'float' = 0.75, pitch: 'float' = 15.0, yaw_start: 'float' = 0.0, yaw_span: 'float' = 360.0, substeps: 'int' = 1, point_px: 'int' = 2, gain: 'float' = 100.0, background: 'Any' = None, views: 'Any' = None) -> 'np.ndarray' (実装を直接呼ぶなら import conngraph; conngraph.points_activity_video(P: 'Any', X: 'Any', colors: 'Any' = None, size: 'int' = 480, aspect: 'float' = 0.75, pitch: 'float' = 15.0, yaw_start: 'float' = 0.0, yaw_span: 'float' = 360.0, substeps: 'int' = 1, point_px: 'int' = 2, gain: 'float' = 100.0, background: 'Any' = None, views: 'Any' = None) -> 'np.ndarray'、台帳から引くなら opsconngraph.get("points_activity_video"))

使い方

点群に活動を載せて回す色動画 (F, H, W, 3)、値 [0, 1]。F = T × substeps、H = size、W = size × aspect。

views に (yaw, pitch) の並び(度)を渡すと回さずに、その方向から見たコマを横に並べる (W = views 数 × size × aspect + 4 px の隙間、yaw_start / yaw_span は使わない)。同じ瞬間を複数の方向から見比べる用(例: 背側 (0, 0) / 側面 (90, 0) / 体軸方向 (0, 90))。

P = (n, 3) の座標、X = (T, n) の状態列(reservoir_states)。コマ k は時刻 k / substeps の状態(隣り合うステップの線形補間)を、yaw = yaw_start + yaw_span × k / F のカメラで正射影する。明るさ b = log1p(gain · |x| / max|X|) / log1p(gain) —— 尺度は全コマで 1 つ(コマごとに伸ばすと動いていないものがちらつく)。ノードの色 = colors((n, 3)、[0, 1]、None なら白)× (0.2 + 0.8 b)、 b > 0.5 のノードは一回り大きく明るく塗る。background は (m, 3) の点群を薄い灰で先に敷く (脳の全 soma の上に選んだノードを載せる、など)。画角は P と background を合わせた箱で決める。出力は F×H×W×3 ≤ MAX_VIDEO_ELEMENTS(2^27)に制限する。

詳しい使い方ガイド

conngraph ファミリガイド

参考(サンプルデータ・文献)

サンプルデータカタログ(DL URL / ライセンス) — 2-D は skimage.data(BSD/public)+ 合成、3-D は実データ源(Stanford/PDS 等)の DL URL。
演算子の来歴・参考文献 — この op 族の元になった研究/手法の出典。
アルゴリズムの正典(著者・年)と用途は上記ファミリ使い方ガイドに記載。

実行できる例(この op を実際に呼ぶ検証済みサンプル)

poc_connectome_motor_bottleneck — py -3.11 examples/poc_connectome_motor_bottleneck.py
poc_em_branch_territory — py -3.11 examples/poc_em_branch_territory.py
poc_em_second_opinion — py -3.11 examples/poc_em_second_opinion.py
poc_eye_to_brain — py -3.11 examples/poc_eye_to_brain.py
poc_malecns_activity_wave — py -3.11 examples/poc_malecns_activity_wave.py
poc_microns_brain_wave — py -3.11 examples/poc_microns_brain_wave.py

型が繋がる次の op(`rgbvideo` を入力に取れる)

—

同カテゴリ(`activity`)

graph_activation_latency · graph_activity_spread

Provenance: conngraph.py — CONNGRAPH operator registry. この per-op ノートは tools/opdocs.py md が自動生成(手編集しない)。

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